週刊少年マガジン・2003年13号（同年2月26日発売）より、「30人の美少女がキミの恋人・ドキドキのニュータイプ学園ラブコメ」という触れ込みで連載を開始する。本作品では、中学校の一クラス全員に設定を与えており、後から見返して、1巻目の最初の登場コマから、各キャラの行動に矛盾がないように描かれている[1]。しかしながら、生徒31人全員が一時間目（第一話）から登場しているにも関わらず、ほとんどが読者に対して紹介されぬままに物語が進められており、読者は生徒の見分けがつかないが大勢でなにか楽しそうにやっているという雰囲気を感じ取ることになる。物語中では時折クラスメート編と呼ばれる個々の生徒に焦点を当てた回があり、読者は順番に生徒を覚えていくことになる。これはモーニング娘。のファンがメンバーを識別していく過程を参考にしている[2]。
ユーロ ドラゴン セカンド ナビラッコ バリヤ サーチ天延 セスカーナ ユッカ 京いも パレス レオタガ オマーン フライト リポジ ピンク チャコール サドルシ ライト じゃじゃん シキミ エッジ カチュ クロロ 学園天国 ソワレ ダイレーザ ハンサム シート ニアピン ロハス ラナン ソコン かすかわ 星のフラ シューズ フーズ トレーサー ターピース ルカラー 天羽 シャープ パオトウ くずまき マミー スウェ フォトカ そけい メトニミ フランス スリーエム
物語は、まだ10歳のネギ先生が、（実際は30人ではなく）31人の女子中学生のクラスの担任となるところから始まる。序盤は「子供先生」のネギが個性的な女子生徒達に振り回される「ドタバタHラブコメ」風の展開を見せていたが、話が進むにつれて本来のテーマである「父親越え」が表面化し、それに係わる者達との「バトル」路線と、従来の「コメディ」路線とが交互に描かれるようになる。生徒たちの中にも魔法の存在を知ることになる者や、実は前から知っていたという者が現われ、ネギは彼女たちに支えられながら、魔法使いの世界で英雄だった父の足跡を追って成長していく。
連載当初は赤松健の前作『ラブひな』と同様の萌え路線、または、恋愛物のように思われたことから読者の中心は青年層であった。しかし、ストーリーが進み、バトルなどの燃え展開や本格的なファンタジー世界が顔を見せるようになり、より低年齢の層にも支持が拡がっていった。作者は燃えと萌えの融合を目指している[2]。
物語の舞台となる麻帆良学園は、『ラブひな』の舞台となったひなた荘と同様に「みんな仲がよくて嫌なことがあまり起きない」場所として描かれている。ファンの間ではこれを指して「赤松ワールド」と呼ばれている。一方で、作者は従来の作風からの脱却を狙って、本作品で冒険することも明らかにしている。
本作品は前述の触れ込みの通りヒロインが31人という大所帯のため、当然各キャラクターの登場回数には大きな差が出てくる。そこで重要になってくるのが通称「ネギ・プリ」というマガジン本誌で行われる人気投票であり、2008年3月までに7回開催されている。この人気に応じてキャラクターの登場頻度が決まっていくというものであり、例えば第1回の人気投票で1位となった佐々木まき絵の登場頻度は当初の予定から大幅に変更された。ただ、現在では各キャラの立ち位置や登場予定はほぼ決まっており、人気投票結果による大幅なストーリー変更は考えていないという作者コメントもある。
1990年代からの声優ブームの仕掛け人であるスターチャイルドの大月俊倫がプロデューサーとなり、アニメ化以前からCDをはじめとしたメディアミックス展開が行われた。人気の主体となったのは主人公と女子中学生に配された総勢32人の声優陣であった。2004年に12ヶ月連続発表された『声のクラスメイトシリーズ』はキャラクター名義のCDとしては史上初のオリコンチャートトップ10入りを果たした[2]。声優陣は2008年までに一人の交代があったのと、TVドラマ関連展開を除いて現在に至るまで変更されていない。その他、イベント、ラジオ番組等も盛況を博した。ただTVアニメだけは一概に成功とは言い切れない事柄が多く、大月俊倫は一時、企画から降りるという形を取っていた。
受賞歴
平成16年度（第50回）「小学館漫画賞」少年向け部門 最終候補作品
平成16年度（第8回）「文化庁メディア芸術祭」マンガ部門 ノミネート作品
海外での展開
アメリカでは、「NEGIMA!」というタイトルでDel Ray社から英語版の単行本が6巻まで刊行されている。（2005年6月現在） なお、アメリカ版は第1巻のみ16歳以上指定（For mature audiences ages 16+）とされたが、これは該当の巻の一部表現が『ラブひな』と同じく、アメリカの出版規制に抵触したためである。
この他、韓国（発売：鶴山文化社、タイトル「마법선생 네기마!」）・台湾（発売 - 東立出版社、タイトル「魔法老師」）・クロアチア（発売 - Algoritam社、タイトル「Negima! Čarobnjak učitelj」）でも現地語訳による単行本が刊行されている。また台湾では、漫画週刊誌「新少年快報」において日本より2 - 3か月遅れで連載されている。シンガポールでも、「MAGISTER NEGI MAGI」というタイトルでChuang Yi社より英語版の単行本が刊行されている。
あらすじ
10歳でメルディアナ魔法学校を首席で卒業した天才少年のネギ（ネギ・スプリングフィールド）が、「立派な魔法使い（マギステル・マギ）」になるための修行として与えられた課題は、日本の学校で先生をすることだった。
登場人物
本作品では、二つの社会にわたって多くの登場人物が存在する。一つは表の世界、すなわち我々の社会そのものである。日本に教師として赴任したネギは、魔法使いとしての正体を隠したままA組の31人の生徒と出会う。生徒の多数は一般人であるが、ネギの正体を知ってしまうものもおり、魔法使いの世界に関わりをもっていく。
もう一つは裏の世界、魔法使いの社会であり背景として「魔法世界」と呼ばれる異世界がある。麻帆良学園の教師・生徒の中にも、魔法使いが存在する。物語の中で大きな存在感を持つのが、かってネギの父「サウザンド・マスター」に率いられ魔法世界の大戦を終結させた「紅き翼」である。ネギの生徒のなかで、とくに神楽坂明日菜とエヴァンジェリン・A・K・マクダウェルとの二人には「サウザンド・マスター」との関係があり、断片的に語られる「紅き翼」の活躍と共に物語に謎を与えている。
第一部
正規の教員として認められるまで（1巻 - 2巻）
着任初日の内に生徒の一人、明日菜に正体がばれてしまう。当初、ネギを嫌っていた明日菜であったが、父の行方を探すというネギの目標を知り、深い関係を築いていくことになる。
吸血鬼エヴァンジェリンとの戦い（3巻）
吸血鬼エヴァンジェリンにネギは命を狙われた。ネギは一度追い詰められるが、明日菜に助けられた。明日菜は戦う力を得てネギを守るために、ネギのパートナーとなる。しかし、明日菜に迷惑をかけたくないネギは、一人でエヴァンジェリンと戦うことにする。結局は一人ではかなわず、また明日菜に助けられることになった。以後の話でも、生徒に迷惑をかけたくなくて一人で危険に立ち向かおうとするネギと、ネギを守ろうとする仲間の構図は繰り返される。
修学旅行（4巻 - 6巻）
麻帆良学園女子中等部は修学旅行の時期となり、3-Aは京都へ出発した。魔法使いの対立に巻き込まれる中、ネギは新たなパートナーを得て窮地を切り抜ける。強敵フェイトに出会うも、エヴァンジェリンに助けられる。戦いの後、父の親友に案内され、父の別荘を訪問する。そこで、明日菜は会ったことの無いはずのサウザンド・マスターとその仲間の写真に既視感を覚える。これ以後、明日菜の過去にまつわるエピソードが随所に挿入されるようになる。そこでは、普通の女子中学生であるはずの明日菜と、魔法世界、そして父との関係が示唆される。
ネギの修行（7巻）
ネギ、生徒の一人に弟子入りし中国拳法を習う。また、エヴァンジェリンにも弟子入りし、魔法使いの戦い方を習う。
無謀な行為を続けるネギに対して意地になっているだけだからと明日菜は止めようとするが、生徒の一人から目的を持って頑張っているのだから止めては駄目だと諭される。それでも、迷惑をかけたくないからと一人で危険な場所に向かうに至って、二人は絶交状態となる。しかし、目的に向かって進み続けるというネギの気質を理解しつつあり、そして、ネギの死を予感してしまった明日菜は、守らせてほしいという思いを伝えるのであった。
ネギの過去（8巻）
ある夜、ネギは明日菜に自分の過去を語った。父は危機が起きたときに助けてくれる英雄だといい聞かされて育ったこと、父に会いたいがためにいたずらを繰り返したこと、そして、悪魔に襲われ村人が石に変えられたこと、死んだはずの父が助けにきてくれたことを。危機が起きれば父が助けてくれる、そう思ったから村が襲われたと自分を責めるネギに、明日菜と仲間はネギに父と再会させることを約束するのであった。そしてそのすぐ後、村を襲ったデーモンと戦う。また、忍者少年で狗族（人狼）の犬上小太郎が、ネギの日本では初めての同年代の友人となる。
学園祭（9巻 - 17巻）
麻帆良学園都市全体で学園祭の時期となった。三日の間、3-Aの生徒もクラスや部活動などで様々な活動を行うため、担任のネギはスケジュールがたいへんな状態となったが、生徒の一人で、自らを火星人と名乗る超鈴音からもらったタイムマシン「カシオペア」により、順にこなしていくことができた。
学園祭二日目にネギは父、ナギの幻影と出会う。父を目標とするネギに対してナギはそれを否定するような言葉を投げかける。落ち込んだネギは、全てを吹っ切って前に進もうとするが、生徒の一人から吹っ切れたと思うのは勘違いだ、大きな悩みは抱えたまま前に進めと助言される。
一方、ネギらが学園祭を楽しんでいる間に超鈴音は魔法の秘密を全世界に公知すべく活動していた。超鈴音は実は未来人であり、歴史を変えるためにこの時代に来たのであった。魔法使いたちは超鈴音を止めようとするが戦いに敗れ、ネギと仲間（ネギ・パーティー）も罠にかかり未来に飛ばされる。ネギらはかろうじて過去（学園祭三日目）に戻ることができ、超鈴音の野望を止めるべく行動に移った。しかし、ネギは迷う。超鈴音の行いは自身のエゴのために世界を変えるがゆえに悪であったが、それによって助かる者もいるはずである。そして、超鈴音を止めることはネギ自分のために未来を変えることでもあった。自分が正しいと思うだけでは進めなくなったネギは、ある結論を出し超鈴音との決戦に挑む。
その後（18巻）
ネギは父の友人より、魔法世界に父の手がかりがあることを聞かされ、旅立ちの決意をする。だが、父しか見えていないその姿を明日菜に危惧され思い悩むことになる。結局は、父は自分の全てだ、止まることはできないと再確認したネギは明日菜に同行を求める。仲間とともにネギを守ることを決めていた明日菜は、もう止めることをしなかった。そして、旅立ちの前にネギに一緒に遊ぶことを約束させるのであった。ここで第一部完となる。
第二部
ネギま部創立（19巻）
魔法世界への旅立ちのため、明日菜は「ネギのお父さんの大魔法使いナギさんを探すためのクラブ」、略してネギま部を結成した。明日菜の過去を知ったエヴァンジェリンは、明日菜に危険なテストを与えることで魔法世界への関わりをやめさせようとするが、明日菜は見事に耐え抜き改めてネギを守る決意を示した。明日菜はエヴァンジェリンの2人目の弟子となった。
明日菜の親友のあやかをはじめとする、魔法を知らない生徒たちは、ネギま部の英国行に同行しようとする。エヴァンジェリンの画策により、夏祭りで部員の証であるバッチを狙うが、数々の修羅場を潜り抜けた面々の敵ではなく、自分たちがやろうとしているのはとても危険なことだと明日菜から身をもって知らされることとなった。
なお、ネギま部はエヴァンジェリンにより白き翼（羅：ALA ALBA）の名が付けられた。これは、ネギの父、ナギのパーティー名「紅き翼」にならってのこと。
アーニャ来日（20巻）
明日菜と一息ついていたネギの前に突然幼馴染のアーニャが登場した。帰ると手紙をよこしたのになかなか帰ってこなかったネギに業を煮やして、自分から連れ帰りに来たのだ。突如の幼馴染の登場に揺れる生徒たち、一方のアーニャは自分よりスタイルのいい生徒面々を見て、ネギの環境に良くないと判断し、帰国を強要する。だが、ネギま部の一同がネギの父親捜しのために協力していることを知り、仲間となる。
魔法世界へ（20巻 - 21巻）
魔法世界へ行く準備も整い、故郷のウェールズにきたネギま部。かつての惨状の傷跡である石化した村人を見て、ネギはあらためて自身の決意を確めた。そして、魔法世界に着いたネギま部だが、5人の魔法を知らない生徒がついてきていたことが発覚する。そこに、フェイトの襲撃を受ける。重症を負うも明日菜の機転で一命を取り留めたネギだが、敵の魔法で魔法世界の方々へ散り散りにされてしまう。
魔法世界（21巻以降）
フェイトは魔法世界と現実世界とを結ぶゲートを、ただ一つを残して破壊してしまった。ネギま部はそのすべての罪をなすりつけられ、お尋ね者となる。さらに、何も知らずについてきた生徒の内、3人が借金を抱えこまされ奴隷にされていた。ネギと小太郎は大人に変身して拳闘士になり、拳闘大会の賞金で彼女たちの借金を返済することを目指す。目標は、最後のゲートが残る廃都オスティアで開かれる大会での優勝であり、他の仲間もオスティアでの合流に向けて動き始めた。
このときネギは自分の実力ではフェイトを打ち負かすことができないと一人悩んでいた。ある日、ナギの友人（自称・永遠のライバル）であるジャック・ラカンと出会い、彼の弟子となる。彼はさらなる力を求めるネギのために、エヴァンジェリンが編み出した禁呪「闇の魔法」の巻物を手渡した。一度は躊躇するものの、これ以外に方法はないと覚悟を決めたネギはその危険な試練に挑み、習得する。