『海底軍艦』（かいていぐんかん）は、1963年（昭和38年）に公開された、東宝制作の特撮映画。正月興行作品。
東宝特撮の最高傑作との呼び声もある、怪獣映画と戦争映画の融合した作品。登場する轟天号の存在感や、それにも負けない田崎潤扮する神宮司大佐らの熱演もあって、現在でも評価は高い。
押川春浪の原作には、「ムウ帝国」「怪獣マンダ」「神宮司大佐」といった映画の全ての登場人物は何ひとつ登場しない。ストーリーでも「少数の人員が孤島で海底軍艦を建造する」以外ほぼつながりはない。脚本の関沢新一は、「海底軍艦は子供のころに読んで、とにかく“ロマン”というイメージがあった。現代の設定に置き換えるに当たり、このロマンをどう描くか考えた」とコメントしている。やはり原作どおりの「ロシアが敵役」などの設定は時代的に無理ということで、敵を架空のムー帝国とし、自身が戦時中関わった、南方前線での寄せ集めの機材による戦闘機建造の体験をベースに、骨太のストーリーを構築している。劇中で活躍する「轟天建武隊」の名前は、明らかに回天特別攻撃隊の各部隊名の合成。そしておそらくは建武の中興（建武の新政）にもかけたもの。
日本の土木技師が行方不明となる事件が相次いでいた。こうした事件の現場に居合わせたカメラマン旗中進と西部善人は、被写体としてスカウトしようと光國海運の楠見専務の秘書、神宮司真琴を追跡し、楠見と真琴がムウ帝国工作員23号と名乗る怪人と工作潜水艦に誘拐されようとするのを阻止する。
後日、ムウ帝国からの脅迫フィルムが届いた。それは一万二千年前に海底に沈んだ伝説上の大陸ムウ大陸を支配した帝国が、地熱を資源とする強大な科学力をもって今なお健在であると示し、神宮司大佐の「海底軍艦」の即時建造中止と、かつてのムウ帝国の植民地であった地上全世界の即時返還を要求していた。同じ脅迫フィルムが国連の場にも届けられていたが、即時黙殺された。だが、世界各地の海岸地域での大陥没や、貨物船が謎の潜水艦に襲撃・撃沈されるなどの異変が相次ぎ、世界各国は総合防衛司令部を設置、最新鋭の原子力潜水艦レッドサタン号や人工衛星による警戒網を動員する。だが、ムウ帝国の潜水艦を深海に追ったレッドサタン号は水圧に耐え切れず圧壊爆破。地上人の手の及ばぬ深海のムウ帝国の科学力は恐るべきものであることを証明した。
ここに到って、日本の治安担当首脳は元大日本帝国海軍少将の楠見に、「海底軍艦」の出動は国連の要請であると伝えるが、楠見は元部下・神宮司の秘密を告白する。「終戦時、神宮司はイ403潜で反乱を起こし消息を絶った」と。その時、警視庁から、ムウ帝国の工作員と思われる男を捕らえたとの連絡が入る。
捕らえられた男は、ムウ帝国人ではなかった。神宮司大佐の部下、天野兵曹である。神宮司大佐が健在であることを知り、楠見らは神宮司に会うことを決意する。神宮司大佐の根拠地は知られざる島にあった。その名も「轟天建武隊基地」である。海底軍艦轟天号の驚くべき性能の一端を示した試験航行の成功に酔う神宮司に、楠見は非道なるムウ帝国撃滅のために海底軍艦の出動を要請するが、拒絶される。神宮司は大日本帝国海軍の再興をかたくなに望んでいた。真琴と旗中は痛烈な抗議をするが、一行に混じって海底軍艦基地に潜入した海野魚人＝ムウ帝国工作員により、基地は爆破された。
英題は Atragon。好評だったらしく、実際には続篇でもなんでもない『緯度0大作戦』が、海外では Atragon II の題名で公開されている。ドイツではU2000という題になっている。轟天号の英語名Atragonの由来はAtomic dragon。 当時の東宝特撮の正月映画としては、本作の特殊撮影のスケジュールは約2か月（当時の平均は3か月）と、やや短めである（本編撮影は従来通り約1か月）。ラストシーンの海上爆発は、キャメラを上下逆にして、水槽に絵の具を落として表現している。丸の内崩壊シーンの冒頭に、マンホールの蓋が蒸気で吹き飛ぶカットでは、マンホールの蓋を軽いウェハースで作って撮影した。人工衛星のカットには、『地球防衛軍』や『宇宙大戦争』の宇宙ステーションの映像が流用されている。
田中友幸プロデューサーは、この映画に登場する「神宮司八郎」の名がお気に入りで、自らのペンネームにもしている。
日本の土木技師が行方不明となる事件が相次いでいた。こうした事件の現場に居合わせたカメラマン旗中進と西部善人は、被写体としてスカウトしようと光國海運の楠見専務の秘書、神宮司真琴を追跡し、楠見と真琴がムウ帝国工作員23号と名乗る怪人と工作潜水艦に誘拐されようとするのを阻止する。
後日、ムウ帝国からの脅迫フィルムが届いた。それは一万二千年前に海底に沈んだ伝説上の大陸ムウ大陸を支配した帝国が、地熱を資源とする強大な科学力をもって今なお健在であると示し、神宮司大佐の「海底軍艦」の即時建造中止と、かつてのムウ帝国の植民地であった地上全世界の即時返還を要求していた。同じ脅迫フィルムが国連の場にも届けられていたが、即時黙殺された。だが、世界各地の海岸地域での大陥没や、貨物船が謎の潜水艦に襲撃・撃沈されるなどの異変が相次ぎ、世界各国は総合防衛司令部を設置、最新鋭の原子力潜水艦レッドサタン号や人工衛星による警戒網を動員する。だが、ムウ帝国の潜水艦を深海に追ったレッドサタン号は水圧に耐え切れず圧壊爆破。地上人の手の及ばぬ深海のムウ帝国の科学力は恐るべきものであることを証明した。
ここに到って、日本の治安担当首脳は元大日本帝国海軍少将の楠見に、「海底軍艦」の出動は国連の要請であると伝えるが、楠見は元部下・神宮司の秘密を告白する。「終戦時、神宮司はイ403潜で反乱を起こし消息を絶った」と。その時、警視庁から、ムウ帝国の工作員と思われる男を捕らえたとの連絡が入る。
捕らえられた男は、ムウ帝国人ではなかった。神宮司大佐の部下、天野兵曹である。神宮司大佐が健在であることを知り、楠見らは神宮司に会うことを決意する。神宮司大佐の根拠地は知られざる島にあった。その名も「轟天建武隊基地」である。海底軍艦轟天号の驚くべき性能の一端を示した試験航行の成功に酔う神宮司に、楠見は非道なるムウ帝国撃滅のために海底軍艦の出動を要請するが、拒絶される。神宮司は大日本帝国海軍の再興をかたくなに望んでいた。真琴と旗中は痛烈な抗議をするが、一行に混じって海底軍艦基地に潜入した海野魚人＝ムウ帝国工作員により、基地は爆破された。